Ukończył z wyróżnieniem studia w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w War­szawie w klasie organów prof. Andrzeja Chorosińskiego, a w 2003 roku – studia podyplomowe (stypendium im. G. Soltiego) z najwyższym odznaczeniem w Royal Academy of Music w Londynie w klasie prof. Davida Titteringtona. Jest laureatem wielu nagród przyznanych przez tę uczelnię, m.in. Peter le Huray, Whalley Organ Scholarship Award oraz nagrody specjalnej przyznanej przez wybitnego angielskiego organistę Petera Hurforda.

Uczestniczył w kursach mistrzowskich prowadzonych przez: Marie-Claire Alain, Ulrika Spang-Hanssena, Kei Koito, Susan Landale, Jona Laukvika, Ludgera Lohmanna, Haralda Vogla oraz Wolfganga Zerera. Wziął także udział The McGill Summer Organ Academy w Montrealu.

W 2002 roku otrzymał nagrodę Prix de la Presse podczas konkursu bachowskiego Grand Prix Bach de Lausanne w Szwajcarii. W tym samym roku wystąpił w Royal Festival Hall w Londynie, wykonując światową premierę zadedykowanego mu utworu na organy solo Salve Sancta Facies angielskiego kompozytora Davida Gortona. Był uczestnikiem wielu prestiżowych festiwali w Wielkiej Brytanii, m.in. The Spanish Ba­roque Music Festival, London Handel Festival, London Bach Festival, Dartington Inter­national Summer School, The Spitalfields Festival, London Organ Forum, International Organ Festival at St Albans, a także koncertów w Czechach, Francji, Grecji, Holandii, Irlandii, Niemczech, Polsce, Szwajcarii, Szwecji i na Węgrzech. Jest dyrektorem artystycznym Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej Ars Musica w Iwoniczu. Ma na swoim koncie nagrania płytowe (dla wytwórni Ars Sonora, Chopin University Press). 

W roku akademickim 2003/2004 wykładał w Royal Academy of Music w Londynie w ramach Pidem Organ Fellowship. Bartosz Jakubczak jest regularnie zapraszany do prezentacji wykładów podczas ogólnopolskich sesji naukowych organizowanych m.in. przez Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina czy Akademie Muzyczne w Krakowie, Poznaniu i Katowicach. Prowadził również warsztaty dla nauczycieli i uczniów klas organów szkół muzycznych II stopnia w Gdańsku, Olsztynie, Rzeszowie i Suwałkach. W 2018 roku prowadził Mistrzowski Kurs Organowy w Akademii Muzycznej im. Ignacego Jana Paderewskiego w Poznaniu.

Od 2004 roku pracuje w Katedrze Organów i Klawesynu UMFC, początkowo na stanowisku asystenta, a obecnie profesora uczelni. 

 Stopień doktora sztuki muzycznej w dyscyplinie artystycznej instrumentalistyka uzyskał w 2009 roku, na podstawie rozprawy Chorał gre­goriański w wybranych utworach organowych Charlesa Tournemire’a. W 2015 roku decyzją Senatu Royal Academy of Music w Londynie, Bartosz Jakubczak otrzymał tytuł honorowego współpracownika Królewskiej Akademii Muzycznej (Associate of the Royal Academy of Music – ARAM). W tym samym roku otrzymał stopień doktora habilitowanego. Od 2017 roku jest powoływany na recenzenta w postępowaniach awansowych. We współpracy z Chopin University Press pełnił funkcję redaktora naukowego, przygotowując publikację nutową Psalmodii na organy, kotły i wibrafon Marka Jasińskiego.